Một số thuật ngữ cơ bản sử dụng trong sinh học phân tử chẩn đoán lâm sàng

Một số thuật ngữ cơ bản sử dụng trong sinh học phân tử chẩn đoán lâm sàng:

1 PCR (polymerase chain reaction): Phản ứng trùng hợp chuỗi gen Kỹ thuật nhân bản DNA hoặc RNA lên hàng triệu bản sao từ một bản khuôn mẫu ban đầu

2 Ct value (Threshold cycle value) : Chu kỳ ngưỡng là chu kỳ nhiệt mà ở tại thời điểm này thiết bị real-time ghi nhận được tín hiệu huỳnh quang phát ra từ ống phản ứng bắt đầu vượt qua cường độ huỳnh quang nền.

3 DNA/RNA template: DNA/RNA làm khuôn mẫu cho phản ứng PCR khuôn mẫu cho phản ứng PCR

4 cDNA (complimentary DNA): DNA bổ sung là sản phẩm của quá trình sao chép ngược và có trình tự bổ sung với RNA khuôn mẫu

5 Enzyme Taq polymerase: Enzyme kéo dài chuỗi có chức năng tổng hợp đoạn DNA mới dựa trên trình tự bổ sung sẵn có.

6 Extraction: Tách chiết là quá trình phá vỡ màng tế bào và màng nhân để thu lấy DNA hoặc RNA khuôn mẫu được sử dụng cho phản ứng PCR

7 Denaturation: Biến tính là quá trình chuyển DNA từ dạng chuỗi xoắn kép thành 2 sợi đơn

8 Annealing: Gắn mồi là quá trình bắt cặp của trình tự mồi vào đoạn gene đích

9 Extension: Kéo dài là quá trình enzyme tổng hợp chuỗi tạo nên DNA mạch mới

10 Lysis buffer: Dung dịch ly giải dùng trong quá trình tách chiết để phá vỡ màng tế bào

11 Amplification/ Amplicon: Quá trình nhân lên/ Sản phẩm quá trình nhân lên. Quá trình nhân lên các bản sao DNA tạo ra các sản phẩm giống hệt trình tự đích

12 Master mix: Hỗn hợp phản ứng PCR là hỗn hợp gồm nhiều thành phần từ dung dịch đệm, ion Magie, dNTP…

13 Electrophoresis: Điện di là quá trình phân tách các mảnh DNA có kích thước khác nhau dựa vào tốc độ di chuyển trong điện trường.

14 Real-time PCR: PCR thời gian thực là phương pháp nhân gene cho phép đọc kết quả ngay sau khi hoàn tất phản ứng nhờ tín hiệu huỳnh quang thu được sau mỗi chu kỳ phản ứng

Conventional PCR (PCR thông thường): Là phương pháp PCR truyền thống sử dụng điện di để đọc kết quả phản ứng

Multiplex PCR (PCR đa mồi): Multiplex PCR phát hiện đồng thời các genome của các virus khác nhau trong cùng một hỗn hợp phản ứng

Quatitative PCR (PCR định lượng): PCR định lượng nhằm xác định tải lượng virus bằng cách so sánh lượng DNA hoặc RNA có mặt trong bệnh phẩm với một bộ chứng dương chuẩn.

15 Internal control (Chứng nội tại): Chứng nội tại thường dùng là 1 đoạn gene ko cạnh tranh với gene đích, đưa vào cùng lúc trong quá trình tách chiết hoặc pha mix, mục đích để kiểm tra chất lượng phản ứng PCR

16 Primer (Mồi): Là các trình tự DNA có kích thước ngắn có thể bám đặc hiệu vào những vị trí xác định trên chuỗi gene. 1 cặp mồi bao gồm mồi xuôi (forward primer) và mồi ngược (reverse primer)

17 Probe (Mẫu dò có gắn huỳnh quang): Cũng là trình tự DNA ngắn và có gắn thêm huỳnh quang (reporter) và chất dập tắt huỳnh quang (quencher). Điểm bám của probe thường nằm giữa vị trí bám của 2 trình tự mồi (theo nguyên lý Taqman probe)

18 PCR Thermo cycler(Máy luân nhiệt PCR): Thiết bị cho phép tăng giảm nhiệt độ buồng ủ theo chương trình cài đặt

19 Sequencing (Giải trình tự gen): Phương pháp xác định trình tự các acid nucleic ATCG trên một đoạn gene, nhằm phát hiện đột biến hoặc tìm ra biến chủng

20 Reverse transcriptase (Enzyme sao chép ngược): Enzyme có hoạt tính tổng hợp cDNA từ khuôn mẫu là RNA

Nguồn internet

Xem thiết kế nội thất phòng xét nghiệm sinh học phân tử